尽管阻挡干扰无人机对策系统操作简单，成本低廉，但该系统功率高，干扰光束宽，在城市或居民区可能造成很大的附带损害。
另外，大多数当前的阻塞干扰设备是定向干扰设备，其不能同时对抗多个UAV。
无线电对策系统对于依赖外部通信的无人机具有更好的拦截效果，但是对于不依赖外部通信进行飞行控制的无人机的控制效果较差。
例如，在自杀的无人飞行器或具有用于恐怖袭击的自动控制功能的无人飞行器的情况下，无线电对策系统无法有效地对其进行抵消。
由于天线带宽的限制，目前大多数的无线电检测与对策系统仅能检测和干扰少数几个常用频段，而无法实现对无人机的整个频段的检测和干扰。
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